生物芯片

服务介绍 

    基因芯片广泛用于模式物种的DNA、RNA和表观遗传等研究。丰核信息提供SNP芯片、RNA芯片、甲基化芯片分析服务,涵盖人类和主要模式物种。丰核信息拥有自主知识产权的标准芯片分析系统,可以快速分析包括Illumina、Agilent、Affy等公司出品的常规基因芯片。

常见芯片列表
项目分类 名称 描述
Illumina SNP芯片 Human omni-zhonghua-8 beachip 包含90万个位点
Agilent表达谱芯片 Agilent SurePrint G3 Human Gene Expression 8×60K V2 涵盖50,599条转录本信息
Agilent SurePrint G3 Mouse Gene Expression 8×60K 涵盖55,681条转录本信息
Agilent SurePrint G3 Rat Gene Expression 8×60K 涵盖30,003条Entrez Gene RNAs
Agilent miRNA芯片 Agilent Human miRNA Array V19.0 覆盖2006个人类相关miRNA
Agilent Rat miRNA Arrary V19.0 覆盖719个大鼠相关miRNA
Agilent Mouse miRNA Array V19.0 覆盖1247个小鼠相关miRNA
Agilent 定制miRNA Array V19.0 可以定制数据库包含的各个物种的相关miRNA
Illumina人DNA甲基化芯片服务 IlluminaInfinium Human Methylation450 BeadChip 包含了450,000多个甲基化位

数据分析(以miRNA芯片分析为例)
标准分析
1. 芯片预处理与标准化;
2. 筛选差异表达microRNA;
3. microRNA聚类图、火山图以及热图等;
4. microRNA靶基因预测,基于多数据库整合的靶基因预测以及上海丰核自主知识产权的预测软件同时识别;
5. 对预测的microRNA的靶基因进行GO富集分析通路富集分析等。
个性化分析
1.microRNA网络分析:microRNA靶基因失调网络;microNRA功能协同作用网络。
2.microRNA与其他芯片整合分析:与lncRNAs芯片结果联合分析(ceRNA Analysis);与mRNA芯片整合分析;与DNA甲基化芯片结果联合分析。
3.与临床数据整合分析
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