小RNA分析专题

 1.差异表达miRNA的聚类热图分析;
方法工具:使用R软件中进行双向聚类分析,并生成heatmap图。
分析意义:对差异分析的结果进行验证,可以直观的看出差异分析结果。

图例:横坐标代表样本;纵坐标代表miRNA名称;颜色深浅代表表达量。

 
2.差异表达miRNA调控靶基因分析和结合位点预测分析;
方法工具:已验证的和预测的miRNA调控靶基因分析,使用targetscan、miRanda、MirTarget2、PicTar、PITA、miRecords等工具进行miRNA靶基因关系分析。
分析意义:了解miRNA调控的靶基因信息,获得重要的miRNA信息。

图例:miRNA靶基因关系网络;


3.差异表达miRNA的功能富集分析;
方法工具:对miRNA的靶基因进行GO和PATHWAY富集分析,使用fisher检验做显著性分析。
分析意义:可以知道重要miRNA的功能,进而了解miRNA与研究方向(疾病)的关系。

图例:横坐标代表miRNA名称,纵坐标代表pathway名称,红方块代表该miRNA包含该pathway功能。


4.竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)分析;
方法工具:竞争性内源RNA(ceRNA)假说是一种全新的基因表达调控模式: mRNA、假基因转录物和长链非编码RNA等转录物通过microRNA应答元件竞争结合相同的microRNA来调控各自的表达水平,从而影响细胞的功能。
分析意义:ceRNA网络可以获得miRNA靶向间的非直接关系,寻找疾病发生发展机制的新线索。

图例:lncRNA-miRNA-mRNA构成的ceRNA网络


5.转录因子(TF)-miRNA分析。
方法工具:基因转录为miRNA也受转录因子所调控,基于生信算法预测TF-miRNA的关系。
分析意义:可以得到调控miRNAs的重要转录因子。
 

图例:TF调控miRNA网络图。绿点代表TF,红点代表miRNA。


6.其他分析,例如:miRNA活性分析,miRNA功能协同网络分析,miRNA共表达分析,miRNA结构预测等等 

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