公共数据库挖掘

     随着生命科学和计算机科学的飞速发展,生物信息学作为两者相结合的一门新学科,已广泛应用于生命科学的多个领域,成为解决科学问题的一个重要工具。科研工作者们具有专业的背景,然而如何运用生物信息学服务解决科学问题,是大家都面临的问题。丰核信息为广大科研工作者提供专业的生物信息服务,与您一起解决科学问题。

服务介绍
    近几年,实验数据不断积累并存储在公用数据库中,可供广大科研工作者下载使用。因此,对这些数据进行整理,并进一步深度挖掘,已成为一个重要研究方法。

服务流程
1、客户提供研究方向
2、生信工程师提供分析提纲
3、反馈沟通
4、进行数据分析
5、出具分析报告

研究案例展示(芯片分析)
研究背景
肝癌可以分为三种类型:肝细胞癌、胆管细胞性肝癌和混合性肝癌。本研究的目的是为了寻找这三种肝癌基因表达情况的不同点和相同点。
研究策略
1 从NCBI GEO数据库中下载转录表达谱,包括70张肝细胞癌芯片,13张胆管细胞性肝癌芯片和7张混合性肝癌芯片。
2 对三种类型的肝癌进行两两比较,寻找差异基因。
3 蛋白互作网络构建,聚类分析,MCODE分析,GSEA富集分析
重要结果展示

网络图

Wang L, Zang W, Xie D, et al (2013). Comparison of hepatocellular carcinoma (HCC), cholangiocarcinoma (CC), and combined HCC-CC (CHC) with each other based on microarray dataset. Tumor Biology, 34, 1679-84.

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