一, ChIP-Seq

染色质免疫共沉淀（ChIP）是在体内环境中研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法，广泛应用于组蛋白修饰、特定转录因子的基因调控作用等相关研究领域。随着新一代测序技术的发展和成熟，染色质免疫沉淀实验与高通量测序的整合--ChIP Sequencing（Chromatin Immunoprecipitation Sequencing ），可在全基因组范围对目的蛋白结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，同时也为研究的深入开展打下基础。

    ChIP Sequencing采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后，分离与其结合的基因组DNA片段，再通过高通量测序与数据分析，在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点，并且可以基于多个样品进行差异比较。

    信息分析流程

?  标准信息分析

1、 ChIP Sequencing结果与参考基因组序列进行比对

2、 ChIP Sequencing reads 在全基因组的分布

2.1 唯一比对reads 在repeats区域的分布

2.2 唯一比对reads 在各基因功能元件上的分布

2.3 唯一比对reads 的全基因组覆盖深度

3、 全基因组peak 扫描

3.1 peak 扫描

3.2 peak 长度分布统计

3.3 peak 的全基因组覆盖度

3.4 peak在基因功能元件上的分布特征

4、 Peak相关基因分析筛选与GO功能富集分析

5、 多个样品的差异分析

5.1 基于peak 相关基因的差异分析

5.2 基于peak的差异分析

6、 UCSC Genome Browser使用说明

?  个性化分析

1. 不同表达水平的基因在TSS附近区域的reads富集程度

2. Motif 分析

2.1鉴定新motif

2.2 Motif功能预测

2.3 己知Motif分析（需提供motif信息）

信息分析流程如下：