高通量测序

服务介绍

    高通量测序技术(High-throughput sequencing)是指一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定,又称之为“下一代”测序技术("Next-generation" sequencing technology)或“第二代测序技术”,其核心思想是边合成边测序。

服务流程
1 DNA或RNA提取
2 文库构建
3 上机测序
4 数据分析

服务列表

项目 明细 周期
转录组水平 mRNA测序 45天
小RNA测序 45天
LncRNA测序 2个月
基因组水平 外显子测序 45天
全基因组测序 45天
动植物de novo测序 根据数据量而定
微生物de novo测序 根据数据量而定
表观组水平测序 全基因组甲基化测序 根据数据量而定
ChIP-seq测序 45天
META类 宏基因组测序 45天
宏转录组测序 2个月
16S/ITS/18S rDNA等扩增子测序 45天
 
测序平台:HiSeq4000,HiSeq2500,HiSeqX和MiSeq

数据分析内容(以真核转录组测序为例)
标准数据分析
1) 对原始数据进行去除接头污染序列及低质量reads 的处理
2) 参考基因组比对
3) 进行基因表达定量分析
4) 可变剪切分析(真核)
5) 新转录本预测:新mRNA和新lncRNA预测
6) 差异表达基因分析(2个或者2个以上的样本)
7) 差异基因的表达模式聚类分析
8) 差异基因的GO功能富集分析和KEGG PATHWAY富集分析
9) 差异基因的蛋白互作网络分析
10) SNP分析
高级数据分析
lncRNA-mRNA表达关联性分析,及网络图构建;
转录调控网络分析,及网络图构建和重要TF分析;
通路交互网络分析,重要通路分析。
差异表达基因共表达分析,构建网络图
转录因子活性分析,预测最重要的转录因子;
基因共上游调控元件预测
miRNA预测,预测调控靶基因的重要miRNA
主成分分析
药物小分子预测分析(适用于人类),得到最相关的药物小分子。

说明:不同的测序方法不同的分析内容,具体请来电咨询

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